Toto jedinečné múzeum vzniklo 16. novembra 1990 transformáciou pôvodného Slepeckého múzea v Levoči, ktoré sa nachádzalo v objekte bývalej streleckej bašty (dnes Kupecká bašta), mimo centra mesta, v rokoch 1974-1990. Hlavným iniciátorom vzniku múzea bol vtedajší riaditeľ a tyflopéd Učňovskej školy internátnej pre mládež s chybami zraku Michal Dzurňák (1923 – 1994).
Múzeum špeciálneho školstva od 16. novembra 1990 sídli v meštianskom dome na Námestí Majstra Pavla 28 v Levoči. Vzniklo na podnet Spoločnosti pre špeciálnu a liečebnú výchovu v Slovenskej republike, menovite PhDr. Vladimíra Predmerského, ako historicko-dokumentačné stredisko pre špeciálnu a liečebnú pedagogiku. Pokračovateľom myšlienky bol i naďalej Michal Dzurňák. Múzeum zriadilo Ministerstvo školstva, mládeže a telesnej výchovy SSR. Výnimočnosť a jedinečnosť múzea spočíva v tom, že mapuje históriu špeciálneho školstva ako celku, najmä štyri základné pédie: zrakové, sluchové, telesné, mentálne znevýhodnenie.
V súčasnosti je špecializovaným múzeom s celoslovenskou pôsobnosťou, s komplexnou dokumentáciou v oblasti špeciálneho školstva, špeciálnej pedagogiky a vzdelávania žiakov so zdravotným znevýhodnením.